|
|
Kumulace biologických dat
Mlčoch, Marek ; Vítek, Martin (oponent) ; Smital, Lukáš (vedoucí práce)
Diplomová práce pojednává o kumulaci biologických dat aplikované na periodické a repetiční signály, konkrétně na signály EKG. Signály byly získány z MIT-BIH databáze Arytmií a databáze ÚBMI. Jednotlivé repetice byly přizpůsobeny na velikost standardizovaného intervalu. Kumulace byly realizovány s pevným, plovoucím a exponenciálním oknem, kde byla použita i metoda přičtení filtrovaných reziduí. Je to metoda určená pro zachycení pomalých změn užitečné složky ze vstupního do výstupního signálu. Výsledky těchto metod je možné využít jako podklady pro další práci, či jako principielní ukázku funkce metod. Realizace metod a výsledná zobrazení byla vytvořena v aplikaci Matlab.
|
|
|
Rekonstrukce DNA sekvencí obsahujících opakující se vzory
Dvořáček, Vojtěch ; Vogel, Ivan (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá rekonstrukcí repetitivních motivů v genomových sekvencích. Motivací jejího vzniku byla potřeba vytvořit automatizovaný nástroj pro charakterizaci telomerických sekvencí v rostlinných genech. Práce se však zabývá obecným řešením dané problematiky. Navržené řešení je založeno na k-merové analýze, řadící se mezi metody nevyužívající zarovnání. Největší výhodou této metody je schopnost rekonstruovat repetitivní motivy z NGS sekvenačních dat. V rámci práce bylo navrženo a implementováno řešení, které umožňuje automatizovaně volit vhodné parametry pro k-merovou analýzu jejich odvozením ze vstupních dat a následně jejich optimalizací pomocí lokálního prohledávání stavového prostoru.
|
|
|
Porovnání eukaryotních genomů
Puterová, Janka ; Vogel, Ivan (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Hlavním motivem pro vznik této diplomové práce byla potřeba kvalitních bioinformatických nástrojů, které slouží na porovnávání genomů a vylepšení jednoho z existujících nástrojů - RepeatExplorer. Práce přináší přehled transposibilních elementů v DNA, existujících nástrojů určených pro identifikaci a analýzu repetic v nasekvenovaných genomech. V práci jsou popsány nedostatky nástroje RepeatExplorer se zaměřením na komparativní analýzu genomů. Byly navrženy a implementovány dvě řešení k odstranění těchto nedostatků. První řešení je určeno na porovnávání dvojic genomů. Princip tohoto řešení je založen na porovnávání podobnosti rozložení pokrytí contigů prostřednictvím Kolmogorov-Smirnova testu, díky čemu víme určiť rozdílné místa v genomech. Druhé řešení, které slouží k porovnávání více genomů, je založeno na metodě mapování readů porovnávaných genomů na contigy referenčního genomu a poskytuje grafy s pokrytím contigů, pomocí kterých víme určit variabilitu repetic. Funkčnost byla ověřena na reálných NGS datech organizmu Silene latifolia.
|
|
| |
|
|
J.K.Toole, Kurt Vonnegut, Jr. and Ken Kesey: Authority and Grotesque in the U.S. Literature of The 1960s.
Kocmichová, Linda ; Ulmanová, Hana (vedoucí práce) ; Sukdolová, Alice (oponent) ; Olehla, Richard (oponent)
Práce se zaměřuje na roli groteskna a autority v dílech amerických autorů, která vznikla v USA v šedesátých letech. Teoretickými východisky, která byla použita k rozboru konkrétních děl vybraných autorů, je bachtinovské pojetí lidové karnevalové kultury, dále teorie Vizenora, opět vycházející z Bachtina a týkající se "šibalů" (tricksters). Dizertační práce používá teoretická východiska, která se týkají působení autority nad jednotlivcem dle Foucaulta, a dále vychází z Deleuzeovy repetice a schizoanalýzy. Hlavním úkolem této dizertační práce je poukázat na prvky, které mají analyzovaná díla společné a také na rozdíly, které se projevují rozlišným pojetím boje proto autoritě. Dalším jednotícím prvkem je pohled na šílenství, které je v těchto dílech osvobozující silou. Autoři byli vybráni pro svůj provokativní postoj k moci, která je uplatňována nad jednotlivcem. Groteska slouží jako prostředek zesměšnění a zdiskreditování autority, jejíž nehumánní projevy jsou zdůrazněny v dílech analyzovaných autorů. Analyzovanými autory jsou: John Kennedy Toole (Spolčení hlupců), Kurt Vonnegut Jr. (Jatka č.5) a Ken Kesey (Vyhoďme ho z kola ven).
|
|
|
Repetiční uskupení v hindštině
Diatka, Vojtěch ; Kostič, Svetislav (vedoucí práce) ; Hons, Pavel (oponent)
Hlavním cílem této bakalářské práce je systematizovat klasifikaci morfologické operace repetice, neboť i rozsáhlejší studie se týkají buď jenom malé části tohoto velkého tématu, nebo ho zpracovávají nesystematicky. Po odlišení reduplikace a repetice formulujeme definici, pro odlišení námi zkoumaného jevu. Poté se věnujeme nutnosti zavést do úvah o repetici teorii prototypů, která nám pomáhá řešit některé problémy, jež vyvstanou při klasifikaci této morfologické operace. Největší část této práce se týká samotné klasifikace repetice. V úvodní pasáži každé kapitoly stručně zmiňujeme, jak různé prameny zachází s konkrétním typem repetice. Další dva důležité body každé kapitoly jsou jednak strukturální hledisko, v němž popisujeme formální změny, jimiž projde slovo během repetiční operace, a jednak sémantické hledisko, v němž popisujeme sémantické posuny. Každý druh repetice dokládáme na příkladech z pramenů a zároveň přidáváme slova z našeho vlastního korpusu. Dalším důležitým tématem je onomatopoická reduplikace. Snažíme se ukázat, proč onomatopoická reduplikace není druhem repetice a zároveň navrhujeme způsob, jak na tento fenomén dále nahlížet. Taková slova jsou nejlépe charakterizovatelná jako ideofony.
|
|
|
Porovnání eukaryotních genomů
Puterová, Janka ; Vogel, Ivan (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Hlavním motivem pro vznik této diplomové práce byla potřeba kvalitních bioinformatických nástrojů, které slouží na porovnávání genomů a vylepšení jednoho z existujících nástrojů - RepeatExplorer. Práce přináší přehled transposibilních elementů v DNA, existujících nástrojů určených pro identifikaci a analýzu repetic v nasekvenovaných genomech. V práci jsou popsány nedostatky nástroje RepeatExplorer se zaměřením na komparativní analýzu genomů. Byly navrženy a implementovány dvě řešení k odstranění těchto nedostatků. První řešení je určeno na porovnávání dvojic genomů. Princip tohoto řešení je založen na porovnávání podobnosti rozložení pokrytí contigů prostřednictvím Kolmogorov-Smirnova testu, díky čemu víme určiť rozdílné místa v genomech. Druhé řešení, které slouží k porovnávání více genomů, je založeno na metodě mapování readů porovnávaných genomů na contigy referenčního genomu a poskytuje grafy s pokrytím contigů, pomocí kterých víme určit variabilitu repetic. Funkčnost byla ověřena na reálných NGS datech organizmu Silene latifolia.
|
|
|
Rekonstrukce DNA sekvencí obsahujících opakující se vzory
Dvořáček, Vojtěch ; Vogel, Ivan (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá rekonstrukcí repetitivních motivů v genomových sekvencích. Motivací jejího vzniku byla potřeba vytvořit automatizovaný nástroj pro charakterizaci telomerických sekvencí v rostlinných genech. Práce se však zabývá obecným řešením dané problematiky. Navržené řešení je založeno na k-merové analýze, řadící se mezi metody nevyužívající zarovnání. Největší výhodou této metody je schopnost rekonstruovat repetitivní motivy z NGS sekvenačních dat. V rámci práce bylo navrženo a implementováno řešení, které umožňuje automatizovaně volit vhodné parametry pro k-merovou analýzu jejich odvozením ze vstupních dat a následně jejich optimalizací pomocí lokálního prohledávání stavového prostoru.
|
|
|
Kumulace biologických dat
Mlčoch, Marek ; Vítek, Martin (oponent) ; Smital, Lukáš (vedoucí práce)
Diplomová práce pojednává o kumulaci biologických dat aplikované na periodické a repetiční signály, konkrétně na signály EKG. Signály byly získány z MIT-BIH databáze Arytmií a databáze ÚBMI. Jednotlivé repetice byly přizpůsobeny na velikost standardizovaného intervalu. Kumulace byly realizovány s pevným, plovoucím a exponenciálním oknem, kde byla použita i metoda přičtení filtrovaných reziduí. Je to metoda určená pro zachycení pomalých změn užitečné složky ze vstupního do výstupního signálu. Výsledky těchto metod je možné využít jako podklady pro další práci, či jako principielní ukázku funkce metod. Realizace metod a výsledná zobrazení byla vytvořena v aplikaci Matlab.
|
host ::
RSS.